Manfred Brunner começou a esquiar aos nove anos no clube de esqui de sua cidade natal, Bad Kleinkirchheim . A fim de promover ainda mais sua educação esportiva, ele frequentou a escola de esqui em Stams, no Tirol . No início da década de 1970, Brunner foi aceito no time da Austrian Ski Association (ÖSV). Ele logo chegou a sua primeira participação em uma Copa do Mundo , mas depois começou por muito tempo na Copa da Europa , onde não obteve nenhum grande sucesso no início. Depois de não poder participar de uma corrida devido a uma lesão no inverno de 1975/76, seus resultados melhoraram significativamente na temporada seguinte. Ele primeiro alcançou seu primeiro pódio na Copa da Europa com o segundo lugar no slalom gigante em Villach e depois voltou à Copa do Mundo, onde terminou em segundo no slalom gigante em Furano em 25 de fevereiro de 1977 atrás de Hansi Hinterseer , alcançando assim seu melhor colocação na Copa do Mundo e ganhou pontos na Copa do Mundo pela primeira vez. Com mais três sétimas posições no slalom gigante no final do inverno, ele terminou em nono na Copa do Mundo de slalom gigante na temporada 1976/77 . Como parte da final da Copa do Mundo em Sierra Nevada , ele também venceu um slalom paralelo em 27 de março de 1977, que, no entanto, não fez parte da Copa do Mundo.
No início da temporada 1977/78 , Brunner não conseguiu aproveitar os resultados da Copa do Mundo do ano anterior, por isso não foi indicado para a Copa do Mundo de 1978 em Garmisch-Partenkirchen . Pouco depois da Copa do Mundo perdida, ele alcançou a quarta colocação no slalom de Chamonix , mas esta foi sua última vitória por ponto na Copa do Mundo. Ele então começou novamente na Copa da Europa e comemorou sua primeira vitória no slalom na Haus im Ennstal . Na temporada seguinte , 1978/79, ele venceu dois slaloms gigantes na Copa da Europa em Villach e Puy-Saint-Vincent . Além disso, ele terminou em segundo lugar em dois slaloms, colocando-o em terceiro lugar no ranking geral da Copa da Europa, em quarto lugar no ranking de slalom gigante e em quinto no ranking de slalom. No entanto, ele não conseguiu retornar à seleção da Copa do Mundo. Depois de Brunner não ter alcançado nenhuma colocação no topo da Copa da Europa na temporada seguinte, ele mudou para a Associação Holandesa em 1980. No entanto, ele continuou sem sucesso e finalmente encerrou sua carreira de esqui.