Zauner começou como atleta nórdico combinado pela ÖSV em 1999 . Em 1999/2000 ele ganhou a Copa da Áustria na classe de alunos II, bem como o evento especial de salto em Fulpmes. Em 2000/01 foi mestre austríaco entre os alunos. Em 2001/02 ele foi quarto na Copa da Áustria para adultos. Em 2002/03 Zauner estreou na Copa do Mundo B e em 2004/05 pela primeira vez na Copa do Mundo A do Combinado Nórdico, onde terminou em nono lugar na competição em Sapporo . Em 2006/07 ele foi décimo no ranking geral da Copa do Mundo. No Campeonato Mundial Júnior de 2003 em Sollefteå , ele terminou em segundo no sprint.
Após a temporada 2008/09, Zauner mudou do nórdico combinado para saltos de esqui. A temporada 2009/2010 começou mal para ele: no início da Copa Continental em Rovaniemi , ele caiu e sofreu uma clavícula quebrada. Em 16 de janeiro de 2010, Zauner fez sua estreia na Copa do Mundo de Salto de Esqui : ao saltar em Sapporo , terminou em nono. Ele também conquistou esta vaga na segunda competição da Copa do Mundo em Sapporo, no dia seguinte. Uma semana depois, Zauner conquistou dois sextos lugares em Zakopane. Em Klingenthal ele alcançou o 5º lugar. Com a equipe austríaca ele alcançou o terceiro lugar em 7 de fevereiro de 2010 no salto em Willingen e assim o primeiro pódio de sua carreira. Existem vários quartos lugares para reservar em competições individuais.
Em 19 de março de 2010, ele estabeleceu um novo recorde da Estíria em vôos de esqui com 223 metros em Planica. Depois de decepcionado com um 26º lugar no início do Grande Prêmio de Verão de 2010 em Hinterzarten , ele alcançou o primeiro lugar no pódio individual em Courchevel com um segundo lugar (empatado com Thomas Morgenstern ). Em 24 de novembro de 2010, Zauner sofreu uma ruptura no ligamento cruzado do joelho esquerdo no último treino da seleção austríaca em Lillehammer, antes da abertura da Copa do Mundo em Kuusamo .
Somente em dezembro de 2011 Zauner voltou ao cenário internacional. Após o quarto lugar na competição individual em 9 de dezembro de 2011 na grande colina Čerťák em Harrachov , ele foi capaz de pousar em segundo lugar com a equipe austríaca na competição por equipes. Na abertura da temporada da Copa Continental em 8 e 9 de dezembro de 2012 em Almaty , Cazaquistão , onde Zauner conquistou o terceiro lugar duas vezes, ele se queixou de problemas no joelho. Um exame médico revelou uma ruptura do ligamento cruzado no joelho direito, que o levou a uma falha no resto da temporada.
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